En France, il ne reste que quelques foyers de populations de Cistudes d'Europe très isolés les uns des autres. - La destruction ou la modification des zones humides affecte particulièrement ces tortues. Les causes de cette destructions sont multiples : Endiguement, comblement, urbanisation, pollution ou gestion inadaptée. - Quant aux pièges à poissons, ils peuvent provoquer leur noyade. - La présence de tortues exotiques (Tortue de Floride, etc.), relâchées sans égard pour la faune locale, peu aussi présenter un danger. - Alors que c'est pourtant interdit, les Cistudes d'Europe sont régulièrement prélevées par des promeneurs qui les ramènent chez eux. - Les Cistudes d'Europe sont également menacées par des parasites (vers ou tiques) et par les bactéries ou les champignons. - Sur le dos, situation dont elles ont beaucoup de mal à se tirer, les tortues sont en danger.
42 % des espèces de tortues sont en voie d'extinction.
Toutes les espèces de reptiles sont protégées. La destruction ou le déplacement des œufs ou des nids sont strictement interdits.
Espèce phare du patrimoine naturel européen, et emblématique dans l'Allier, la Cistude d'Europe est depuis 2008, inscrite sur la Liste rouge des reptiles de France métropolitaine comme espèce Quasi menacée de disparition (NT) et sur la Liste rouge mondiale de l'UICN (Union internationale pour la conservation de la nature).
La Cistude d'Europe est protégée de portée :
